幕末の動乱後、平和を取り戻したこの街に悪霊事件が多発した。
そこで集められた６名の男女−−『内務省悪霊対策班』、 別名『警視庁特別班』。

祖母の遺言で人を探すために横浜に降り立った【永峰和人】。
海軍エリートの道を歩みながら、
命令により転任させられた【沢木宗一郎】。
武者修行の旅で東京に現れた【山田虎之助】。
幼い頃に別れた兄を慕って追ってきた【永峰陽子】。
婿捜しのために上京してきた【上杉美園】。
顔も知らぬ父を捜すために琉球を飛び出した【玉城萌夕】。

そして、そんな彼らを束ねる【桐谷五郎】。
助力的存在として、戦闘訓練の講師【藤田五郎】、
鍛冶士の【柳鉄舟】、女医の【桐崎芳乃】。

様々な道を経てこの組織にやって来た６名の男女。
彼らは自らを鍛えながら、悪霊による数々の事件を解決して行く。

そんな中、ある任務がきっかけで、
彼らは大きな時代の流れへと巻き込まれていくのだった。