モードは全部で6種類！ 「ナンプレ10000問」を起動する度に自動で始まります。問題は10,000問の中からランダムに出題されます。 LEVEL-01（VERY　EASY＝簡単）からLEVEL-20（VERY　HARD）まで各LEVEL500問、合計10，000問の問題が収録されています。 選択できる問題に制限はありません。好きなLEVELと問題番号を選択し、プレイすることができます。 （クリアした問題は、問題番号の色の表示が変わります。） DSワイヤレス通信を使って対戦プレイができます。 設定した時間内に正しい数字をマスに多く埋めた方が勝ちになります。（ニンテンドーDS本体2台と「ナンプレ10000問」2本が必要です。） ナンプレ問題を自作するモードです。作成した問題は20個まで保存しておくことができます。 ナンプレ博士がナンプレの基本ルールと解き方を説明します。 今までに解いた問題のクリア時間がランキングで表示されます。LEVELを選択すると、そのLEVEL内でのクリア時間がランキングで確認できます。